《陳垣全集》二十三冊(cè)由安徽大學(xué)出版社出版。該書(shū)被列入國(guó)家“十一五”重點(diǎn)出版規(guī)劃項(xiàng)目資助出版，共一千余萬(wàn)字，是陳垣先生最為全面的著作匯編。
目錄：
第一冊(cè)早年文
第二冊(cè)元也里可溫教考開(kāi)封一賜樂(lè)業(yè)教考火祆教入中國(guó)考摩尼教入中國(guó)考元西域人華化考宗教史論文
第三冊(cè)四庫(kù)書(shū)目考異
第四冊(cè)中西回史日歷（上）
第五冊(cè)中西回史日歷（下）
第六冊(cè)二十史朔閏表
第七冊(cè)史諱舉例校勘學(xué)釋例吳漁山年譜舊五代史輯本發(fā)覆歷史文獻(xiàn)學(xué)論文雜著
第八冊(cè)敦煌劫余錄（上）
第九冊(cè)敦煌劫余錄（下）
第十冊(cè)元典章校補(bǔ)
第十一冊(cè)元秘史音譯類纂（上）
第十二冊(cè)元秘史音譯類纂（下）元秘史校記元秘史譯音用字考
第十三冊(cè)廿二史札記批注廿二史札記考正
第十四冊(cè)日知錄校注（上）
第十五冊(cè)日知錄校注（中）第一冊(cè)早年文
第二冊(cè)元也里可溫教考開(kāi)封一賜樂(lè)業(yè)教考火祆教入中國(guó)考摩尼教入中國(guó)考元西域人華化考宗教史論文
第三冊(cè)四庫(kù)書(shū)目考異
第四冊(cè)中西回史日歷（上）
第五冊(cè)中西回史日歷（下）
第六冊(cè)二十史朔閏表
第七冊(cè)史諱舉例�？睂W(xué)釋例吳漁山年譜舊五代史輯本發(fā)覆歷史文獻(xiàn)學(xué)論文雜著
第八冊(cè)敦煌劫余錄（上）
第九冊(cè)敦煌劫余錄（下）
第十冊(cè)元典章校補(bǔ)
第十一冊(cè)元秘史音譯類纂（上）
第十二冊(cè)元秘史音譯類纂（下）元秘史校記元秘史譯音用字考
第十三冊(cè)廿二史札記批注廿二史札記考正
第十四冊(cè)日知錄校注（上）
第十五冊(cè)日知錄校注（中）
第十六冊(cè)日知錄校注（下）
第十七冊(cè)釋氏疑年錄中國(guó)佛教史籍概論
第十八冊(cè)明季滇黔佛教考清初僧諍記南宋初河北新道教考
第十九冊(cè)鮚崎亭集批注（上）
第二十冊(cè)鮚崎亭集批注（下）
第二十一冊(cè)通鑒胡注表微
第二十二冊(cè)文稿批注本教材詩(shī)稿解放后重要講話文章
第二十三冊(cè)書(shū)信
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