中國佛教醫(yī)藥全書》分為論醫(yī)佛經(jīng)、涉醫(yī)佛經(jīng)、僧醫(yī)著作、居士醫(yī)著四大部分，收入各種佛醫(yī)文獻三千多部。
在論醫(yī)佛經(jīng)部分，我們的采錄標準有三：一為全經(jīng)論及佛教醫(yī)藥，二為綜合性經(jīng)典中的專門經(jīng)籍或?qū)ｉT章節(jié)全文論及佛教醫(yī)藥，三是佛醫(yī)的思想貫穿全文。全經(jīng)論及佛教醫(yī)藥的經(jīng)典有：《佛說佛醫(yī)經(jīng)》《佛說醫(yī)喻經(jīng)》《佛說胞胎經(jīng)》《治禪病秘要法》《千手千眼觀世音菩薩治病合藥經(jīng)》《除一切疾病陀羅尼》《佛說呪時氣病經(jīng)》《根本說一切有部毗奈耶藥事》等六十多部；綜合性經(jīng)典中的專門經(jīng)籍或?qū)ｉT章節(jié)全文論及佛教醫(yī)藥的佛學著作有：《中阿含經(jīng)》之《教化病經(jīng)》與《自觀心經(jīng)》，《佛說興起行經(jīng)》之《佛說頭痛宿緣經(jīng)》《佛說骨節(jié)煩疼因緣經(jīng)》《佛說背痛宿緣經(jīng)》《佛說木槍刺腳因緣經(jīng)》，《妙法蓮華經(jīng)》之《藥草喻品》，《正法華經(jīng)》之《藥草品》，《大般涅盤經(jīng)》之《現(xiàn)病品》，《金光明經(jīng)》之《除病品》，《四分律》之《藥揵度》，《十誦律》之《醫(yī)藥法》等八十多部；以佛醫(yī)的思想貫穿全文的有《心經(jīng)》《金剛經(jīng)》《地藏菩薩本愿經(jīng)》等十多部，但從文獻的角度考慮，對沒有醫(yī)、藥、病、體、食、養(yǎng)等直接論醫(yī)內(nèi)容者，我們對很多重點的經(jīng)典還是忍痛割愛了，因此造成這部分的內(nèi)容收錄得比較少。今后在修訂時，將視專家和讀者的反映再作適當?shù)难a充。
在涉醫(yī)佛經(jīng)部分，我們的采錄標準有三條：一是明確提及醫(yī)藥之內(nèi)容者（不論篇幅多寡），二是有涉及解剖、生理、病理、養(yǎng)生、食療等方面的篇章或句段，三是偶涉醫(yī)藥或疾病的相關(guān)史料。有些佛教經(jīng)籍為百字文或千字文，本身的篇幅比較短小，且前后又有一定的連貫性，我們作全文收錄處理；對于論醫(yī)句子或段落相對集中的佛經(jīng)，我們作摘錄處理；對于佛經(jīng)的內(nèi)容比較零散，而部帙又比較浩繁的典籍，我們分段進行摘錄，中間以分隔符隔之。對于佛經(jīng)中偶涉醫(yī)藥或疾病的相關(guān)史料者，若同一卷帙中出現(xiàn)了多個片段，我們以跳躍式的方法予以采擷，若句子比較孤立和簡短，我們則只好忍痛割愛之。
在僧醫(yī)著作方面，我們采錄的標準有三條：一為最后的身份為僧人者；二為書中署名僧人者；三是書中標注為寺院傳承的醫(yī)著者。有些人年輕時為居士，晚年才出家為僧，他們的著作統(tǒng)一歸入僧醫(yī)著作之中，如明末胡慎柔的《慎柔五書》等。相反，有些人年輕時出家，后又還俗者，他們的著作則全部歸入居士的著作之中，如喻嘉言之《醫(yī)門法律》《尚論篇》等。由于時代久遠，有些醫(yī)作的作者身份已經(jīng)很難考證清楚，但只有書中標明作者是某某禪師、某某和尚、某某法師或僧人的法號者，我們就認定為是僧人的著作，如不退和尚之《少陵秘傳》等。對于未署名作者或作者無法考證的醫(yī)著，如果書中標明了寺院的名號者，我們即認定為僧醫(yī)著作，如《竹林女科》等。
在居士著作方面，我們的采錄標準有兩條：一為作者的傳記中有居士稱號者；二是作者在自序或文稿中自稱是佛門弟子者。前者有《宣明論方》與《素問玄機原病式》的作者河間居士（劉完素）、《醫(yī)宗必讀》的作者盡凡居士（李中梓）、《醫(yī)學津梁》的作者念西居士（王肯堂）等；后者有《醫(yī)學心悟》作者程國彭等。對于那些雖然是虔誠的佛教信徒，但未見其居士稱號或未自稱是佛門弟子或其著作的內(nèi)容與佛醫(yī)相距甚遠者，我們也未與采列，如近代名醫(yī)張錫純，其佛學造詣頗深，與少林寺高僧的交往也甚密，但其一著《醫(yī)學衷中參西錄》我們并沒有列入居士著作之中。
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