近年來新一代測序技術(shù)的研發(fā)和應用，極大地推動了基因組科學的發(fā)展，也給基因組數(shù)據(jù)分析帶來巨大的新挑戰(zhàn)。第三版對前兩版原有內(nèi)容做了大量更新和補充，《dna和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具（第三版）》17章，分別從基因組學、蛋白質(zhì)組學、系統(tǒng)生物學三個層次詳細介紹了常用的基因數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡工具；為適應windows7的環(huán)境，將bioperl程序包的數(shù)據(jù)分析做了重排使其更易操作。尤其是增添了新一代測序數(shù)據(jù)分析實例，包括snvs和indel識別、小rna-seq分析、枯草桿菌全基因組序列拼接；并對bowtie等讀序列定位工具和ucsc瀏覽器的使用做介紹。《dna和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具（第三版）》內(nèi)容深入淺出、圖文并茂。書中提及的各種方法均有充實的例證并附上相關數(shù)據(jù)和圖表，供讀者理解和參考；書后還附有中英文的專業(yè)術(shù)語和詞匯�？勺鳛閷蚪M學、蛋白質(zhì)組學、生物信息學感興趣的本科生、研究生和研究人員學習、研究的重要工具手冊。
薛慶中等編著的《dna和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第3版)》分8章。第1章闡述序列比較的核心方法，即運用blast和clustalx等工具做序列比對。第2章重點介紹了核苷酸序列分析工具，主要包括：基因預測、編碼區(qū)結(jié)構(gòu)分析、可變剪切分析、預測基因啟動子等。第3章蛋白質(zhì)氨基酸序列分析從搜索數(shù)據(jù)庫開始，隨后對蛋白質(zhì)基本理化性質(zhì)、二級結(jié)構(gòu)、結(jié)構(gòu)域和三維空間結(jié)構(gòu)、預測目標蛋白的生物功能等工具進行逐一介紹。第4章使用tm4軟件可實現(xiàn)芯片的數(shù)據(jù)采集，低質(zhì)量過濾，標準化處理。第5章簡介geneontology和kegg數(shù)據(jù)庫，將分別有助于挖掘基因和蛋白的功能及其代謝途徑分析。第6章介紹分子進化遺傳分析工具包，用mega4繪制系統(tǒng)發(fā)生樹，為研究基因進化打好基礎。第7章利用x！tandem軟件鑒定蛋白質(zhì)的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)，再將質(zhì)譜結(jié)果匹配到蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫鑒定出蛋白，并借助tpp軟件包進行統(tǒng)計學分析，優(yōu)化檢索結(jié)果。第8章介紹cytoscape系統(tǒng)生物學分析軟件，展示蛋白－蛋白相互作用，并實現(xiàn)與基因表達等數(shù)據(jù)有機整合。書后附有專業(yè)詞索引。
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