——故事發(fā)生在被第一次和第二次選召的孩子們打敗貝利亞吸血魔獸的三年后——
大家都已經(jīng)有了屬于自己的伙伴數(shù)碼寶貝，現(xiàn)實世界和數(shù)碼世界之間的大門也都已經(jīng)全部打開，暢通無阻�？墒菨摲跀�(shù)碼世界里的黑暗勢力卻在積蓄力量，以達(dá)高獸為首的黑暗系數(shù)碼寶貝重建了黑暗之海，并且開始對數(shù)碼世界產(chǎn)生歪斜扭曲的病毒數(shù)據(jù)，最后經(jīng)由四圣獸和皇家騎士團(tuán)經(jīng)過一番鏖戰(zhàn)后將他們封印入黑暗之海的最底處，并且將原本屬于八神嘉兒的光明徽章對黑暗勢力進(jìn)行永久的埋葬，可是即使是光明徽章也不能長時間接受黑暗的洗禮，日子一久，從光明徽章里逐漸衍生出了屬于黑暗的徽章，只有兩枚徽章在一起才能壓制逐漸恢復(fù)元氣的黑暗勢力，可是與此同時，現(xiàn)實世界里，也有著困惑被選召的孩子們的問題在等著他們。
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