本書輯錄有名歷史學者秦暉關于明清交替之際的一組研究文章，以縱向的時間軸論，集中于明末清初；以橫向的領域而言，主要從“農(nóng)民戰(zhàn)爭與土地制度史”的角度出發(fā)，考察幾支政治力量的戰(zhàn)時策略以及它們之間的角逐。
全書分為四輯。
第一輯“從‘聯(lián)明抗清’到‘南明史’”，從細致入微的考證與邏輯嚴謹?shù)乃急嫒胧�，分析了南明、農(nóng)民軍、清廷三家政權(quán)之間的鼎立態(tài)勢、糾纏關系，及此消彼長的形勢變化，也分析了包括縉紳階層在內(nèi)的各種社會力量之間的互動。
第二輯“西南‘國主’政權(quán)”，主要著眼于順治四年占領云南的大西農(nóng)民軍的活動與制度，分析其經(jīng)濟與政治實踐的特點與局限。
第三輯“李自成及其余部”，駁斥了李自成禪隱石門夾山的傳說，辨析了李自成余部所謂“后明韓主”及“定武政權(quán)”的子虛烏有。同時以精彩的考證分析，指出被誤認為李自成的“奉天玉和尚”很有可能是明清之際川東的一個軍閥——李占春。
第四輯探討了李自成的歸宿，追溯了一個被虛構(gòu)的李自成謀士如何從小說進入史料的過程，評價了崇禎帝的作為，分析了明代中葉的“倭寇”問題。
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