小說一開始厄拉科斯還是哈克南家族的封地，哈克南男爵的侄子野獸拉班是這里的總督，他用非常殘暴的手段壓迫弗雷曼人。這時候帕迪沙皇帝沙達姆四世把厄拉科斯重新分封給了在蘭茲拉德聯(lián)合會的各大家族中頗孚眾望的厄崔迪·雷托公爵。這件事看似是厄崔迪家族的大好事，實際上卻是一個圈套。大家心里明白，皇帝對雷托公爵心生猜忌，打算聯(lián)合哈克南家族鏟除厄崔迪。哈克南和厄崔迪本來就是世仇，現(xiàn)在有了皇帝的支持就更加肆無忌憚了。弗拉基米爾·哈克南男爵一早就在厄崔迪家里安排了臥底，還制定了周密的計劃，要把仇家一舉殲滅。
除了臥底具體是誰，雷托公爵一方對這個圈套知道的一清二楚。但是，按照赫伯特的套路，就是無論對方使用什么陰謀詭計，我只有一條妙計，就是將計就計。當然，雷托還是做了準備的，為了對抗可能的敵人皇家精兵薩多卡，專門派人拉攏弗雷曼人作為盟友。但是，前面說了姐妹會有預知未來的能力，所以按照姐妹會的說法，這都是瞎忙活，你們厄崔迪肯定是要完蛋的。
厄崔迪一家剛搬到厄拉科斯就遭遇了一次針對雷托獨子，也就是男主保羅的暗殺。有人在保羅房間里放了一支獵殺鏢——一種浮空金屬制飛鏢武器，由人近程控制，是一種常見的暗殺工具。幸好保羅機智冷靜，抓住并破壞了這個暗器。這件事證實了有臥底潛伏在他們身邊。接下來又有一隊哈克南雇傭兵冒充弗雷曼人襲擊了他們，也被殲滅了。殲滅哈克南雇傭兵的就是雷托公爵的手下大將鄧肯·艾達荷，他也是此前派去拉攏弗雷曼人的使者。鄧肯成功獲得了弗雷曼人的信賴。
雷托公爵的門泰特杜菲·哈瓦特認為臥底就是公爵的姬妾，保羅的生母杰西卡。這個杰西卡之所以不是雷托正式的妻子是因為作為家族領(lǐng)袖的雷托必須保持“單身”，好在必要的時候用聯(lián)姻的方式擺脫困境或取得有利條件。其實按照姐妹會的計劃，杰西卡本應該給公爵生一個女孩，這樣就可以在必要的時候聯(lián)姻，而且很有可能這個女孩聯(lián)姻的對象就是厄崔迪的死敵哈克南家族的繼承人菲德-羅薩。這樣一來說不定就可以化解這場危機。但是杰西卡使用了BG強大的技能，控制自己的身體主動生出一個男孩。她說是因為她愛雷托公爵，而雷托公爵需要一個男孩來做繼承人。同時杰西卡也想試一試自己是不是能生出姐妹會的終極目標魁薩茨·哈德拉克。
雷托對杰西卡是百分百信任的，但為了安撫人心，同時讓敵人放松警惕，將計就計，他還是同意了杜菲的建議讓鄧肯去監(jiān)視杰西卡。同時他私下里又跟保羅說，如果自己出了事，希望保羅告訴母親，自己從來沒有懷疑過她。
接下來保羅陪著雷托見到了弗雷曼人的領(lǐng)袖列特，此人原來是帝國派過來的環(huán)境專家，已經(jīng)徹底融入了弗雷曼人，并成為他們的領(lǐng)袖。列特·凱恩斯的夢想是改造厄拉科斯的環(huán)境，讓這里變成適宜人類生存的綠洲。在接觸中，弗雷曼人開始覺得保羅就是傳說中的指路之人，就是會帶領(lǐng)弗雷曼人走向自由復興的領(lǐng)導者。這都是姐妹會很久以前就設(shè)計好的，她們通過護使團在弗雷曼人的信仰里暗示了指路之人的特征，而這一切都和保羅吻合。
雷托公爵一方面針對哈克南的攻擊做出一些部署，同時著手恢復香料生產(chǎn)。雷托改革了一些不太合理的傳統(tǒng)，得罪了一些既得利益者。比如鏟除哈克南的巢穴，將他們的財產(chǎn)充公，讓皇帝獲得10％的好處。雷托的行動每一步都合情合法。
然而，厄崔迪這一邊很快就內(nèi)訌了，杰西卡得知杜菲派鄧肯監(jiān)視自己，非常生氣的找來杜菲對質(zhì)，雙方都沒辦法被徹底說服。然而，哈克南在當晚就動手了。臥底就是醫(yī)生威靈頓·岳，他偷襲了雷托公爵。事先沒人懷疑他是因為都知道岳是一位蘇克學校的畢業(yè)生，經(jīng)受了帝國預處理——這是一項蘇克醫(yī)學院開發(fā)的技術(shù)，制約人的殺人舉動。受過處理的人員會在前額刺上鉆石形刺青。而且岳的老婆被男爵害死了，男爵也正是利用這一點才找岳作為他們的臥底。
實際上岳有自己的計劃，就是給雷托裝一顆充滿毒氣的假牙，等他被帶到男爵面前時，咬破假牙放出毒氣跟男爵同歸于盡。在岳看來，雷托公爵難逃厄運，能夠作為刺殺仇人的武器也無不可。更何況岳還答應雷托公爵幫助杰西卡和保羅活下來�？上芯籼珯C警了，提前開著屏蔽場，并且快速的躲到了一扇暗門后面。男爵的門泰特彼得還有其他手下就都被毒死了。
這里說一下屏蔽場，這是一種防御裝備，在小說里通常安裝在腰帶上，打開開關(guān)就會在身體周圍形成類似電磁場的保護層，可以阻擋快速的物體靠近，但是不能阻擋緩慢的物體。所以在《沙丘》的世界里通常不會使用快速的偷襲，相反刺客都喜歡使用緩慢移動的暗器。屏蔽場還能使空氣流動變慢，所以可以防御毒氣的襲擊，給人逃脫的機會。如果使用激光槍攻擊打開屏蔽場的人，很有可能受傷的會是自己。而且，在厄拉科斯上一般不會開啟屏蔽場，因為它的噪音會引來超級大怪獸沙蟲。
另一邊，哈克南的飛行員按照指令把捆住的杰西卡和保羅帶進沙漠，想借助殺蟲毀尸滅跡。為了防備杰西卡的言音術(shù)專門派了一個聾子執(zhí)行這個任務，還派了另一架撲翼機跟在后面監(jiān)視，以確保萬無一失。結(jié)果當然是沒有用，還是被這對母子逃出生天。之前被派去監(jiān)視杰西卡的鄧肯也按照岳的提示截了一架撲翼機找到了母子二人，并帶他們?nèi)フ伊刑亍Ｈ藖淼揭蛔鷳B(tài)研究基地，可是沒多久這里就被攻破了。鄧肯戰(zhàn)死，列特讓保羅和杰西卡從一個密道逃走。保羅駕駛撲翼機開進了風暴中。列特留下來用蝙蝠給弗雷曼人送信，要他們?nèi)フ冶Ａ_母子二人。之后列特就被抓了，他們脫掉了列特的蒸餾服，把列特丟進了沙漠讓他脫水而死。
雷托公爵的門泰特杜菲也被俘了，男爵的門泰特剛被毒死，于是他就想要杜菲為他服務。男爵給杜菲下了毒，每天都要服用特制的解藥才能活命。當然，杜菲并不是想要茍且偷生，他仍然認為是杰西卡出賣了雷托公爵，所以他想要報仇，只好暫時忍辱負重。
雷托公爵還有一位武器大師哥尼·哈萊克，他以為厄崔迪已經(jīng)全軍覆滅了，就跑去加入了弗雷曼走私犯。
保羅和杰西卡從風暴中成功的脫身，又在沙漠里走了很久，他們在一個洞穴里遇到了之前和鄧肯“吐口水”結(jié)盟的斯第爾格。因為有列特提前送來的信，再加上杰西卡答應教他們武術(shù)，弗雷曼人收留了保羅和杰西卡。當然，更重要的是弗雷曼人覺得保羅就是傳說中的那個會帶領(lǐng)他們走向偉大復興的“指路之人”。
有一天，一個弗雷曼人對保羅發(fā)出了決斗挑戰(zhàn)，保羅在決斗中殺死了他。按照弗雷曼傳統(tǒng)，保羅從此就不再是個孩子了，要有一個屬于戰(zhàn)士的名字，保羅根據(jù)自己夢中的預言選擇了穆阿迪布這個將要成為新的弗雷曼宗教領(lǐng)袖的名字。
按照弗雷曼傳統(tǒng)，平時有人死亡，他身上的水分要蒸餾出來成為部落的公共財產(chǎn)，而在決斗中死掉一方的水是要屬于勝利者的。所以保羅就得到了死者的33升水。弗雷曼人有一種記水器，憑這個計水器可以從部落的蓄水池里取一定量的水。而負責計水的正是列特的女兒契尼，也就是出現(xiàn)在保羅夢里他的未來的愛人。
契尼把計有33升水的金屬環(huán)交給保羅，結(jié)果保羅這時候還傻傻的讓契尼代為保管，他不知道這在弗雷曼文化中就是一種求愛的方式。沙丘因為出產(chǎn)香料成為帝國最重要的行星。然而，對于生活在這里的人來說，水才是重中之重。
這里簡單說一下厄拉科斯的生態(tài)系統(tǒng)。厄拉科斯上最重要的生物就是沙蟲，體長可達400米，在沙漠里自由穿行，來去無蹤，一口可以吞下一個香料工廠。沙蟲的幼體叫做沙鮭，根據(jù)描述應該是可以變形的軟體生物，親水，會吸收大量的水分并且囤積在體內(nèi)。所以沙鮭大量繁殖就會使環(huán)境中的水越來越少，當?shù)乇硗耆衬臅r候，沙鮭就開始轉(zhuǎn)變成沙蟲形態(tài)。厄拉科斯的沙漠氣候就是這樣形成的。成為沙蟲后，就從親水變成恐水。沙蟲只能在干燥的環(huán)境里生存，因為水對沙蟲來說相當于毒藥。沙蟲生長到一定階段會以半植物半生物的形態(tài)生存在沙地深處，稱為小小造物主，有點像冬蟲夏草。小小造物主的排泄物形成香料菌叢。香料菌叢遇水菌體會瘋狂地生長。在這個階段，香料會發(fā)生一次“爆炸”，將地下深層的物質(zhì)掀出地表。當香料菌叢暴露在陽光和空氣中后，就會變成美瑯脂。總之香料的形成離不開沙蟲，而沙蟲離不開干燥的環(huán)境。所以，對于厄拉科斯來說，要水就不能要香料。水和香料不可兼得，這就是弗雷曼人面臨的兩難境地。
斯第爾格想讓杰西卡接替部落里老圣母的位置，這里的圣母和BG的圣母不是一回事兒。于是老圣母讓杰西卡喝下了生命之水作為考驗。生命之水是沙蟲在被淹死時釋放出的液體，非常的兇險。杰西卡再次運用姐妹會的技能，在體內(nèi)對有毒物質(zhì)進行的轉(zhuǎn)換。結(jié)果生命之水幫助她進入心靈合一的狀態(tài)，讓她進入一種催眠狀態(tài)，并且獲得了BG所有女性祖先的記憶。這樣，杰西卡同時也升級到BG圣母的級別。而且，此時杰西卡已經(jīng)懷孕，懷的就是將來保羅的妹妹厄莉婭。在杰西卡腹中的厄莉婭也進入了心靈合一的狀態(tài)，在出生之前就不僅獲得了女性祖先的記憶，還獲得了男性祖先的記憶，被稱為尖刀圣厄莉婭。
哈克南男爵重新奪回了對沙丘的管轄權(quán)，又派他的侄子野獸拉班去管理沙丘，更變本加厲的壓榨弗雷曼人，從而在香料貿(mào)易中獲得更多的利潤。男爵的繼承人，他的另一個侄子菲德-羅薩經(jīng)常聽變節(jié)門泰特杜菲的建議，名聲要比拉班好很多，男爵打算讓拉班控制住局面以后再讓菲德接手。
菲德還是姐妹會配種計劃里重要的基因攜帶者，有一個伯爵夫人是BG，打算去勾引他并獲得他的基因。菲徳企圖刺殺男爵未遂，男爵苦于沒有更好的繼承人，只是懲戒了一下菲徳，并向菲徳透露他覬覦皇帝寶座的野心。
在茫茫沙海之中保羅也開始用宗教信仰領(lǐng)導弗雷曼人。因為長期攝入香料，保羅的預知能力大幅提升，他根據(jù)自己的預言做出行動，力量不斷壯大。期間保羅和契尼第一個兒子雷托二世也出生了，為了徹底融入弗雷曼人，保羅還學會了駕馭沙蟲的技術(shù)。加入走私犯的哥尼·哈萊克也回到了保羅身邊。于是保羅率領(lǐng)弗雷曼人開始了反抗野獸拉班的戰(zhàn)爭。
實際上從一開始發(fā)生在沙丘上一切都在宇航公會眼皮子底下，因為他們有許多飛船和衛(wèi)星在天上。無論誰勝誰敗，宇航公會都不在乎，他們在乎的只有香料，直到保羅發(fā)現(xiàn)破壞香料產(chǎn)生的方法。宇航公會到處散播謠言，詆毀保羅在沙丘所做的一切，又大幅調(diào)低軍隊運輸費用，使得最窮的家族也能跑沙丘，等著參加瓜分厄拉科斯的戰(zhàn)爭。公會最好的領(lǐng)航員全都在尋找保羅，想要除掉他。
最后帕迪沙皇帝沙達姆四世帶著他的薩多卡軍隊來到沙丘。保羅帶人在風暴的掩護下襲擊了皇帝駐扎的宮殿，同時自己后方的營地也遭到了薩多卡的襲擊，保羅的兒子雷托二世被殺，保羅的妹妹厄莉婭被俘虜。原來厄莉婭是故意被俘虜?shù)�，她被抓過去之后直接就刺殺了哈克南男爵，千萬不要以為她還是一個小女孩，這可是一個在娘胎里就已經(jīng)無所不知的人物。
終于皇帝也迫不得已要跟保羅做出最后的了斷了�；实巯仁敲疃欧迫ゴ虤⒈Ａ_，杜菲當然不會下手，于是死在保羅的懷里。然后哈克南的繼承人菲德要跟保羅決斗，他居然在自己的屁股里裝了一根毒針。保羅并沒有中招，一刀刺穿下巴結(jié)果了他。
保羅這么厲害，又控制了香料，所以宇航公會和姐妹會的人都不敢出來說話了�；实壑缓米尦龌饰�，并且把女兒伊勒瑯公主嫁給他，還把皇家在宇航公會的全部股份作陪嫁。這個伊勒瑯公主就是每一章開頭那一段史詩的作者。之后，保羅把退位的皇帝就被放到訓練薩多卡的監(jiān)獄星球，把卡拉丹分封給了哥尼·哈萊克。
《沙丘》第一部的故事到這里就結(jié)束了。表面上這是一個類似王子復仇記的故事，赫伯特在里面加入預言的元素之后就把它變成一個充滿宿命感的悲劇。保羅一步一步通過預言的實現(xiàn)完成復仇大業(yè)，同時他又深深地畏懼這個結(jié)果。
第一次經(jīng)歷到的那可怕目的的種族意識又不斷撩撥著他。他發(fā)覺自己已經(jīng)不再恨貝尼·杰瑟里特，不恨皇帝，也不恨哈克南人。他們都紛紛陷落在各自種族的需求中，為了更新散落的遺傳因子，為了在一個更大更新的基因池中配對，融合和改進血緣體系。而種族只知道一種可靠的辦法——那種經(jīng)過千錘百煉，所經(jīng)之路無一漏過的古法：圣戰(zhàn)。
保羅意識到自己的確就像是一粒種子。
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