因為保羅出走，留下兩個小孩，所以只好由厄莉婭出任攝政女王，她和鄧肯結(jié)了婚。因為推行環(huán)境改造政策，弗雷曼人在沙丘上建了許多蓄水池，并且在里面養(yǎng)食肉魚。這樣沙蟲的幼體沙鮭就沒辦法進來吸水，沙蟲活動的范圍也越來越少，漸漸出現(xiàn)了一些綠洲，生存環(huán)境也不再像以前那樣惡劣了。
第三部《沙丘之子》一開始，厄拉科斯上突然出現(xiàn)了一個瞎子傳教士。人們傳說自我流放到沙漠的保羅回來了，這個傳教士就是保羅。傳教士的活動威脅了厄莉婭的統(tǒng)治，厄莉婭下令要逮捕傳教士，卻因為傳教士的追隨者太多而成為一紙空文。
這時候杰西卡也從老家卡拉丹來到厄拉科斯，因為她聽說厄莉婭的意識已經(jīng)被她的外祖父哈克南男爵占據(jù)。這里解釋一下，哈克南男爵也在姐妹會的配種計劃里，曾經(jīng)有BG取得他的基因生下一個女兒，然后交給姐妹會培養(yǎng)長大，就是杰西卡。男爵是杰西卡的父親，也就是厄莉婭的外祖父。厄莉婭生下來就有所有祖先的記憶，其中就包括男爵的記憶。這些記憶互相打架，最后男爵占了上風，控制了厄莉婭。
杰西卡一到沙丘就處理了一批忠于厄莉婭的手下，還派了哥尼·哈萊克去找弗雷曼走私販調(diào)查傳教士的事情。當年厄崔迪家族一敗涂地之后，哥尼曾經(jīng)做過一段時間走私販。
雷托和甘尼瑪一起來到他們兩個人的秘密基地，分別讓意識里保羅的記憶和契尼的記憶控制他們的身體，這樣不必借助香料就可以預見未來。于是雷托得知保羅會去迦科魯圖，而自己必須走上“金色通道”，才能使人類得救。
然后他們還想問怎樣才能避免重蹈厄莉婭的覆轍，保羅回答說，沒辦法。之后雷托請求保羅代替他控制自己的肉體，也就是說讓自己變成保羅。這里作者大力渲染了保羅的意志力有多強大，才能抵抗住這種誘惑�？赡芩吮Ａ_還沒死這件事，如果雷托變成保羅，那么將會同時存在兩個保羅，不知道這算不算bug。
不過，沒在雷托身上發(fā)生的事，在甘尼瑪身上發(fā)生了。死去的契尼不想離開甘尼瑪?shù)纳眢w，雷托軟硬兼施，好一通嘴遁才說服老媽放棄霸占自己女兒的身體的想法。
話說，姐妹會一直也想得到兩兄妹的基因，他們希望兩個人能夠配種，然后生出一個孩子，姐妹會就可以偷偷帶走然后加以利用。雷托和甘尼瑪為了避免這種事情發(fā)生的可能，兩個人決定分開行動。
當年帕迪沙皇帝沙達姆四世的大女兒伊勒瑯公主嫁給保羅做了帝國的皇后，他還有個二女兒文希亞跟著他一起被流放到監(jiān)獄星球薩魯撒·塞康達斯。文希亞公主生下一個兒子法拉肯，就想將來讓法拉肯做上皇帝寶座，于是訓練了兩只老虎，用來刺殺雷托和甘尼瑪。具體方法就是給老虎喂穿著特制衣服的小孩，然后把這種衣服進貢給雷托和甘尼瑪。但是，這些都是瞞著法拉肯做的。
自從杰西卡來到厄拉科斯之后，受到各大部落的擁戴，還總是跟厄莉婭作對。厄莉婭終于下決心要除掉自己的親媽，當然，也可以說是親爹想弄死自己的親女兒，因為此時的厄莉婭實際上是哈克南男爵。
厄莉婭請杰西卡代替自己主持朝會，她事先安排了殺手，正好前來請愿的是忠于杰西卡的弗雷曼敢死隊，于是護送杰西卡安全逃走。隨后遇到厄莉婭的丈夫鄧肯，他在這里是多重間諜。首先，厄莉婭派鄧肯把杰西卡綁架到薩魯撒·塞康達斯，好嫁禍給她妹妹文希亞。然而，鄧肯也早覺察到厄莉婭有問題，于是聽從了傳教士的安排，將計就計，要把杰西卡帶到薩魯撒·塞康達斯去用貝尼·杰瑟里特的方式訓練法拉肯。杰西卡是聽了雷托的預測，將計就計，就跟鄧肯走了。
另一邊，雷托和甘尼瑪躲在一個狹小的山洞里等待老虎的出現(xiàn)，甘尼瑪被抓傷，但他們還是成功殺死了老虎。然后按照計劃，兩個人從此分道揚鑣。雷托去找傳說中的迦科魯圖，甘尼瑪自我催眠讓自己相信雷托已經(jīng)被老虎吃了，并且?guī)е莫氉曰厝ィ苑烂鎸Χ蚶驄I時露出破綻。
雷托遇刺，傳聞說是文希亞綁架了杰西卡，這讓法拉肯很生氣。他決定放逐母親文希亞，來平息輿論。同時杰西卡也答應澄清自己并沒有被綁架，還同意讓法拉肯娶甘尼瑪，然后做帝國的皇帝。
在厄拉科斯的犧牲日這一天清晨，傳教士再次出現(xiàn)在厄莉婭神廟的廣場上。他發(fā)表了與穆阿迪布教義完全相反的演說。穆阿迪布靠預言統(tǒng)治帝國，相信一切都是確定的，但是傳教士卻說:“人必須永遠選擇不確定性，遠離確定性。”厄莉婭認出了傳教士就是保羅。
雷托在沙漠里一連走了好幾天，終于來到迦科魯圖。哥尼·哈萊克也在這里，他和這里的部落首領(lǐng)一起控制了雷托，并且強行給雷托注射了香料。部落首領(lǐng)是厄莉婭的人，厄莉婭早就想給雷托和甘尼瑪使用香料了。因為這兩兄妹是目前為止唯二不靠香料就能預測未來的人類，厄莉婭想看看香料會在他們身上發(fā)揮什么樣的效果。哥尼本來是杰西卡派來調(diào)查傳教士的，部落首領(lǐng)騙他給雷托使用香料是杰西卡的命令。
果然，在香料的作用下雷托開始進化，當然也多虧有保羅強大的記憶全程護持，雷托終于打通任督二脈，讓自身的過去記憶和未來預知形成了統(tǒng)一的整體，開了天眼。
部落首領(lǐng)派自己的女兒負責看守，雷托看到未來的自己會跟她相愛，果斷避開了這條時間線，趁機逃走，于是這個女人在小說里再沒出現(xiàn)過。。
沙達姆家族提出聯(lián)姻請求，甘尼瑪因為自我催眠對雷托之死深信不疑，堅決不同意嫁給法拉肯，并說會親手殺掉法拉肯。厄莉婭覺得殺了也沒什么不好，就先替甘尼瑪答應下來。鄧肯也被送了回來，厄莉婭居然要除掉自己的丈夫。于是派他去找斯第爾格，安排人在路上制造事故。鄧肯發(fā)現(xiàn)不對勁，劫持了一架撲翼機逃脫，自行去找斯第爾格。厄莉婭眾叛親離，只有斯第爾格還保持中立。鄧肯故意激怒斯第爾格，被他殺死。斯第爾格殺了厄莉婭的丈夫，沒辦法繼續(xù)保持中立，于是帶著甘尼瑪一起逃走。
雷托來到一個走私沙蟲的部落，他在這里讓沙鮭覆蓋身體，和自己的皮膚融為一體，形成活的蒸餾服。這讓他的身體機能大幅提高，同時獲得超長的壽命。雷托繼續(xù)他的“金色通道”之路，四處破壞蓄水池，阻止沙丘生態(tài)的轉(zhuǎn)變。但是為時已晚，沙漠就要完全消失，沙蟲也失去了棲息地，沒有了沙蟲，也就不會再有香料產(chǎn)出。雷托的破壞只能推遲這一天的到來。
雷托在沙漠里遇到父親保羅，帶著他回到迦科魯圖，在這里和哥尼會合，重建蓄水池，并且開始囤積香料。等生態(tài)環(huán)境徹底發(fā)生變化以后，香料產(chǎn)量將會大幅下降，直至停止。到時候雷托就可以依靠囤積下來的香料統(tǒng)治帝國了。
厄莉婭派人去跟斯第爾格談判，趁機綁走了甘尼瑪。杰西卡也帶著他的好學生法拉肯，一名男性BG來到厄拉科斯要和甘尼瑪舉行訂婚儀式。
這時候傳教士又出現(xiàn)在外面的廣場上，揭露厄莉婭的罪行。結(jié)果引起騷亂，幾名厄莉婭的追隨者趁機殺死了傳教士，保羅的一生終于結(jié)束。
和保羅一起來的雷托解除了甘尼瑪?shù)淖晕掖呙�，憑借超能力制服了姑姑厄莉婭。大家想幫助厄莉婭恢復自己的意識，可惜沒能成功，厄莉婭自己從窗戶跳下去死掉了。杰西卡在同一天目睹自己的兒子和女兒雙雙死去。
雷托正式稱帝，從此統(tǒng)治了帝國長達四千年，被稱為神帝雷托。法拉肯交出自己的軍隊，和甘尼瑪結(jié)了婚�！渡城鹬印返竭@里就結(jié)束了。
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