主角以及一行眾人乘坐這未知空間公司的飛船前往比鄰星開發(fā)資源,在冥王星附近不幸遇到了黑洞,被黑洞傳送到了另外一個(gè)平行宇宙。
一行人掉落在某個(gè)不知名的行星上,在冒險(xiǎn)途中,主角為了救潘詩文,被鐵皮盒子一路追殺,不幸掉落到山谷中,在山谷中的某處山洞里,發(fā)現(xiàn)了哈邁人留下的遺跡,并根據(jù)綠寶石的指引找到了最后幸存的哈邁人的意識。
經(jīng)過一系列的冒險(xiǎn)與挫折,加上宇宙之眼的蠱惑,主角的意志發(fā)生了動搖。最終同伴的犧牲讓主角重拾斗志,通過探索各個(gè)平行宇宙,找回了所有阿特拉斯的克隆體,主角獲取了他們的能量,最終阻止了阿特拉斯的計(jì)劃。