故事發(fā)生在2023年的中國，十五年前巨大不明生物體Maryway偽裝成隕石襲擊地球，奧特曼與米利尼安兩位戰(zhàn)士截?fù)鬗aryway失敗，怪獸墜落到日本海，地軸偏斜，引起巨大海嘯，湮沒日本島及中國大陸部分沿海城市，地球氣象劇變，十五年間超過1/3陸地沙漠化。而米利尼安則墜落到了甘肅敦煌月牙泉的沙漠，軀體被黃沙掩埋。 15年后，地球軍方受到神秘組織S指引成立BASE，果然新的巨型生命體再次來襲，當(dāng)年墜落地球的米利尼安將自己附身于一個(gè)叫李千禧的年輕人身上，善良的李千禧是蘭州游樂場的一名員工，但他并不知道自己體內(nèi)存在米利尼安。當(dāng)游樂場被怪物襲擊的時(shí)候，危急之下引發(fā)了李千禧的變身能力，巨大的奧特曼出現(xiàn)在怪物和人類面前。不知情的人類以為奧特曼是另外一個(gè)怪物，絕望逃生中發(fā)現(xiàn)奧特曼是在幫助人類。 奧特曼和怪獸，以及另一位黑色的奧特曼的戰(zhàn)斗隨即展開……
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