在魔女之夜，雖然曉美焰竭力制止鹿目圓變成魔法少女，但是不忍心讓曉美焰一個人去承受的鹿目圓，最終選擇以靈魂作為代價，向丘比許下了一個愿望：把所有的魔女在誕生之前消滅，所有宇宙，過去和未來的所有魔女，由我親手……
但是作為這個愿望達成的條件，小圓變成了神，令宇宙的法制重新改寫，而且小圓也因此消失了。就像她從來沒有誕生過一樣。曾經(jīng)的好朋友：，巴麻美，佐倉杏子，甚至是小圓的父母，腦袋中都已經(jīng)沒有了有關(guān)小圓的記憶。但有一個人除外，見證了小圓變成神的曉美焰。可其實除她之外，還有一個人雖然對小圓有印象，但是卻被他當成了不存在的朋友罷了。那個人就是小圓的親弟弟：鹿目達也。
隨著鹿目達也逐漸地長大，他也越來越懷疑小圓的存在性。終于有一天，命運給了他尋找內(nèi)心中那份懷疑背后的真相的能力,一顆神秘的金色果實出現(xiàn)在了達也的面前。
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