本作建立在一個全新的宇宙觀之上。男主角是一名大學生，放暑假回家時，發(fā)現(xiàn)了一個去世父親留下的遺物—一架超級顯微鏡，能看到比原子還小成百上千倍的空間。男主角無意中在自己女朋友的肺部發(fā)現(xiàn)了一群超微型智慧生物。后來在其《原子物理學》老師的幫助下和它們建立了聯(lián)系，它們的文明程度比人類高很多，能夠轉(zhuǎn)移、儲存、控制大腦意識，它們之間的戰(zhàn)爭幾乎要把男主角女朋友的身體摧毀。在與其的交流和爭斗中男主角受傷，醒來后在父親留下的一塊隕石中找到了父親被復制的大腦意識備份，父親在隕石中的超微型智慧生物中做到了先師的位置。他率領(lǐng)大軍把男主角以及他女朋友體內(nèi)的超微型智慧生物都趕回了黑色隕石中，從而避免了一場危機的爆發(fā)。
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